政变之后随之而来的，必然是对异党分子的清算。太子李建成和齐王李元吉的妻妾全部没入宫中，所有男丁全部被杀，即使是襁褓中的婴儿也绝不放过。长安城里现在是风声鹤唳，太子和齐王府的余党人人自危。有的人吓得在家自杀，有的举家外逃，没能逃走的都在家惶恐不安地等待着对自己命运的裁决。
以前两党之间一点点睚眦旧恨，现在也被无限放大，此时更是成了打击报复异己的好机会。
在政治上，只要你是败者，失败就是你最大的错误！你的所有问题都会成为胜利者清算、屠戮你的理由。
对于杀红眼的人来说，谁也不敢轻易替太子一党求情，生怕被别人认为自己是太子一派而遭受打击。在这种非白即黑的政治氛围下，人人自危，个个噤若寒蝉。
李靖得知玄武门之变的消息后，对于政变后出现的无限报复和复仇行为，正是他所担心的。即使远在灵州，他也能真切地感受到。朝廷派出的缉捕逃犯的捕快，也时而在本地出没。
无限扩大的仇恨，无情的打击报复，必将激起变乱，不利于国家尽快地弥合伤口，进入经济复苏。
李靖心急如焚，他立即给李世民写信。在信中，他对李世民说道：“靖听说殿下取得了胜利，从内心里替殿下高兴。但是殿下若能以最小的代价、最少的时间处理好这一件事，则是万民之福、社稷之福。殿下还记得齐国的公子小白和管仲否？现在东突厥对我大唐正虎视眈眈，正在寻找一切进攻的机会。山东、河北等原窦建德的旧地又开始蠢蠢欲动，江淮、江陵等地也都还没有完全归附。如果国家纷乱日久，必然会带来更大的变乱。庐江王李瑷之死，即是最好的例证。
所以靖以为不管是太子一党还是齐王一党，都是各为其主，本无可厚非，其情可悯，其行可原。像原太子手下的魏征、薛万彻等都是一班忠臣义士，靖冒死恳请殿下都能善待之，使其能为殿下服务。只要他们这些人能为殿下所用，就能很快地起到榜样作用，那些原来反对殿下的人也会跟着改弦易辙。这样纷争将会很快平息，国家也能早日安定下来。愿殿下能早日结束纷争，重振朝纲，为大唐开万世之表。如此则是大唐之幸也，也是我辈追随殿下最大的愿望。”
对于庐江王李瑷，若是大家看过笔者前面的内容，便知道这个人。笔者不免在此再啰嗦多说几句。当时李靖帮他剿灭山匪，他却将全部的功劳揽为己有，致使李靖因赴任失期，差一点被李渊密诏所杀。多亏了硖州刺史、谯国公许绍百般求情才得以脱罪。这李瑷乃是太子一党，他见太子李建成被杀，心中惶恐，担心其罪会累及自己。其时正好李渊派人召他入京，他以为李世民要清算他的罪行，便密谋造反，结果被王君廓将他捉住勒死。是以李靖有信中有“庐江王李瑷之死，即是最好的例证。”一说。
李世民知道李靖说的有理，便听从了李靖的建议。李世民说道：“所有罪孽都是李建成和李元吉这两个元凶所犯，既然他们已经伏诛了，倘若还要无限诛连的话，国家就不能迅速安定下来！”
李世民于是下令首恶伏诛后不再牵连，这样诸位将领才停止了追杀。
太子洗马魏征被抓后，众人都知道他是太子的死党，纷纷要求杀了他。李世民责问魏征道：“作为一个外人，你为什么要离间我们兄弟？”
魏征昂首答道：“太子乃是陛下钦定的储君，我倾心地辅佐太子是天经地义的事情，何错之有？当初太子要是按照我说的去做，也就没有今日之祸了。”
李世民怒道：“如果没有你们这些人在中间撺掇，太子焉能谋反，我们兄弟又岂能失和？”
魏征哈哈笑道：“从来没有听说过人的双手互掐，跟头发有什么关系的！我们这些人只是忠于朝廷、保护太子！你们兄弟两人互掐，跟我们这些人又有什么关系呢？”
“你！”
李世民竟被魏征说的一时语塞，答不上话来。气得脸色铁青，眼睛都要喷出火来。
房玄龄和杜如晦等人都纷纷为魏征求情。房玄龄谏道：“殿下，现在主犯已伏诛，首恶已除。滥杀只会增加仇恨，包容才能迅速弥合分歧。属下都素知魏征性情耿直，说话喜欢直来直去，但他确实是一个不可多得的人才。请殿下三思”
李世民是个爱才之人，他何曾想杀魏征？只是希望魏征能在他面前说一句软话，给他一个台阶下下。没想到魏征不卑不亢，一句软话也不说，一时倒叫他下不了台。
李世民怒道：“汝真以为我不敢杀汝吗？”
魏征把胸膛一挺，哈哈大笑，爽快地说道：“生杀予夺的大权本来就掌握在你的手中，你连太子、齐王都敢杀，还有他的后代连根铲除，一个不留！杀我，还不是易如反掌的事。今天要杀要剐，悉听尊便。杀了我正好成全了我尽忠的名节，可对于殿下你可能就不一样了。”
“笑话，杀汝如杀只鸡耳，有何不一样？”
“杀我确实如杀一只鸡耳，轻而易举！但是全天下的猴子却看清了殿下的面目。如此睚眦必报，让从前的太子、齐王旧属谁还敢投降、趋附于你？只怕从此以后天下将纷争不断，永不得安宁！到时候死的可能就不是一只鸡，而是整个大唐的基业了。哈哈哈哈！”
魏征说罢哈哈大笑，欲从容出殿，引颈就死。